Ene on Eesti Keele Instituudi vanemteadur, kelle eelistatud uurimisteemad hõlmavad kognitiivset keeleteadust ja psühholoogiaga piirnevaid nähtusi keeles (tunde-, tajusõnavara, tavasõnadele omistatavad tundetoonid jne). Ta on raamatu „Eesti tunded. Sõnaportreed“ (2016) autor. Viimase aja uurimused on seotud sõnaliikidega.